1923年5月24日、東京都墨田区生まれ。旧制弘前高校在学中に学徒出陣で南方を転戦。終戦後復学し、48年に鎌倉アカデミアの映画学科に入学。同年、松竹大船撮影所の助監督に合格。渋谷実、中村登、岩間鶴夫らにつく。 
　54年、日活撮影所に引き抜かれ、56年の『港の乾杯　勝利を我が手に』で監督デビュー。第８作『暗黒街の美女』より清順と改名し、小林旭・高橋英樹・宍戸錠ら日活スターのアクション映画を手がける。
　63年の『悪太郎』から美術監督・木村威夫と組み、66年に脚本家グループ「具流八郎」を結成、清順美学を支える特有の様式美が作り出されていく。

　67年に『殺しの烙印』を発表すると、これを観た日活社長が「わけのわからない映画」と激怒。一方的に専属契約が打ち切られ、全作品の対外封鎖が通告される。扱いを不当として日活を告訴、大島渚をはじめとするファン・スタッフらが「鈴木清順問題共闘会議」を結成し、抗議デモに発展する。
　71年、日活と示談が成立。77年の『悲愁物語』（原作・梶原一騎）で10年ぶりに映画界に復帰する。続く80年の『ツィゴイネルワイゼン』で、ベルリン映画祭審査員特別賞、日本アカデミー賞監督賞、ブルーリボン賞監督賞、キネマ旬報賞監督賞、芸術選賞文部大臣賞など、各賞を総なめにした。
　“大正浪漫三部作”完結編『夢二』発表以来（91）、映画出演が主だったが、01年、10年ぶりに単独監督作品『ピストルオペラ』を発表した。05年には中国のスター、チャン・ツィイーを起用した『オペレッタ狸御殿』が公開され、話題を呼んだ。他にも『ルパン三世』シリーズの監修、多数の映画・ドラマ出演がある。

　著書に『けんかえれじい』（91、三一書房）『すっころび仙人の人生論』（95、講談社）、共著に林静一との対談を収録した『対話録 現代マンガ悲歌』（青林堂、70）、『鈴木清順全映画』（86、上野昂志編、立風書房）など。
　90年に紫綬褒章、01年に勲四等旭日小綬章を受賞。国内外にファンを持ち、ジム・ジャームッシュ、ウォン・カーウァイ、クレール・ドゥニ、アルノー・デプレシャン、クエンティン・タランティーノら映画監督からも熱烈な支持を得ている。

　『日本映画研究No.２』（77）にシナリオ「猫殺しの山」「タネも仕掛けもありません」とエッセイ「縄張り・或いは猫は天才である」が掲載されている。『夜行』5号に「夢殿」、14号にインタビュー「鈴木清順監督訪問記」、16号に「いつか見た旅の湯」、「夢二」特集が組まれた17号ではエッセイ「疲れ月」と評論3本が掲載されている。『幻燈』4号に久保隆「「ピストルオペラ」論」がある。
　エッセイ集に『花地獄』（72、96に新版発売）『暴力探しにまちへ出る』（73、限800、大杉栄追悼集会講演）『夢と祈祷師』（75、91に新版発売）『孤愁』（81）『まちづくし』（82）が、共著に『加藤泰の映画世界』（86）『対話録 夢の４倍』（94、原マスミとの対談）がある。